药品经销代理公司,没有实体药店,能否申请GSP认证?

不可以，gsp认证必须有实际的经营场所和仓库。即使不是也不行。请仔细阅读GSP132条条款，网上都搜的到的。

新版GSP中，委托生产的药品如何提供药品生产企业的GMP证书

正常来说，提供委托企业的GMP证书是没用的，但药品在GMP有效内生产出来的不影响销售，但也不排除个别省份要求不同，较真要新GMP证书。
生产企业新版GMP认证根据不同的品种类别，要求通过新版GMP的时间不同。想品种能正常销售，只能是受托企业按时通过GMP，要么是在规定的期限前生产出多一点的产品。

医药代理是不是也需要GSP认证

你首先是个合法的药品经营企业．是合法的药品经营企业必须通过GSP．
这样也行，就是你拿着该公司的资质在此销售药品．一般的不设立库房，采取发货的方式．也就是你作为该公司的业务人员，他给你出具委托书和法供货资质．

通过别人进货（不是直接从药厂）做地区药品代理（直接供给药店或诊所），可以吗？

跨区域销售本来不需要什么额外的手续. 但是你的药是从什么地方出货的,按照规定,药品销售必须有合法的手续(包括票据齐全,发票也必须需要),而且作为生产厂家是不能将药品直接供应给终端药房和诊所的.如果你是生产厂家就要有药品生产许可症，注册证最少要有这两样，才能进药店，发票一般就是如果有人在药店买了你的药品，要开发票的话，药店就给开了，但是药店会要一般是10%的利。 还需要药品销售人员许可证,可去北京市药品监督管理局办理。另外还需要你所在药品公司的营业执照、药品经营许可证、GSP证书和你的法人委托书和身份证复印件。